代表的な大型プロジェクト
バイオ×デジタル推進室
- JST 戦略的創造研究推進事業CREST（ミニ型CREST）／データ駆動・AI 駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新（バイオDX）領域「データ駆動型の次世代微生物進化育種」（2021-2026年度）（研究代表者：石井純准教授）
- NEDO 官民による若手研究者発掘支援事業「ファインケミカル高生産微生物開発のための技術基盤構築」（2021-2025年度）（研究代表者：石井純准教授）
- AMED 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業 国際競争力のある次世代抗体医薬品製造技術開発（次世代抗体医薬品の製造基盤技術開発）「高機能な次世代抗体を‘迅速に’創出・生産する「ロボティクス×デジタル」を基盤とした革新技術開発」（2021-2025年度）（研究代表者：近藤昭彦教授，研究担当者：石井純准教授，伊藤洋一郎特命准教授，片山健太特命助教，冨永将大特命助教）
- AMED次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業「リバーストランスレーショナル創薬に向けた包括的マイクロバイオーム制御基盤技術開発―マイクロバイオーム創薬エコシステム構築に向けて―」（2021-2027年度）
- NEDO カーボンリサイクル実現を加速するバイオ由来製品生産技術の開発／データベース空間からの新規酵素リソースの創出（2020-2026年度）（研究代表者：近藤昭彦教授）
- AMED 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業／バイオ医薬品の高度製造技術の開発「高性能な国産細胞株の構築」（2018-2020年度）（研究代表者：近藤昭彦教授，研究担当者：石井純准教授，伊藤洋一郎特命准教授，冨永将大特命助教）
- AMED 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業／バイオ医薬品の高度製造技術の開発「バイオ医薬品の多品種・大量製造に適した微生物による高度生産技術の開発」（2018-2020年度）（研究代表者：石井純准教授）
- MEXT 地域イノベーション・エコシステム形成プログラム「バイオ経済を加速する革新技術：ゲノム編集・合成技術の事業化」（2017-2021年度）（研究代表者：近藤昭彦教授）
- JST 未来社会創造事業／地球規模課題である低炭素社会の実現領域「光駆動ATP再生系によるVmax細胞の創製」（2017-2021年度）（研究担当者：石井純准教授）
- NEDO スマートセルプロジェクト：植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発「高生産性微生物創製に資する情報解析システムの開発」（2016-2020年度）（研究代表者 ：近藤昭彦教授，研究担当者：蓮沼誠久教授，石井純准教授）
合成バイオ基盤部門
- JST OPERA 食と先端技術共創コンソーシアム 食の未来を拓く革新的先端技術の創出 分担（2022～2024年度）
スマート育種・バイオ生産部門
バイオ燃料・化学品分野
- AMED次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業「リバーストランスレーショナル創薬に向けた包括的マイクロバイオーム制御基盤技術開発―マイクロバイオーム創薬エコシステム構築に向けて―」（2021-2027年度 ）
- JST未来社会創造事業「地球規模課題である低炭素社会の実現」領域／「ゲームチェンジングテクノロジー」による低炭素社会の実現／「細胞分裂制御技術による物質生産特化型ラン藻の創製と光合成的芳香族生産への応用」（2019-2023年度）
- NEDO カーボンリサイクル実現を加速するバイオ由来製品生産技術の開発「データベース空間からの新規酵素リソースの創出」（2020–2026年度）
- 文部科学省 地域イノベーション・エコシステム形成プログラム「バイオ経済を加速する革新技術：ゲノム編集・合成技術の事業化」（2017-2021年度）
- JST A-STEP「微細藻類からのカロテノイド色素の生産技術開発」（2016-2021年度）
- NEDO スマートセルプロジェクト：植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発「高生産性微生物創製に資する情報解析システムの開発」（2016-2020年度）
- 内閣府 ImPACT「動的代謝解析による海洋性緑藻の油脂生合成発動メカニズムの解明と油脂高生産技術開発への応用」（2016-2018年度）
- 文部科学省 バイオプロダクション次世代農工連携拠点（2008-2018年度）
バイオロジクス分野
- AMED 再生医療・遺伝子治療の産業化に向けた基盤技術開発事業「遺伝子・細胞治療用ベクター新規大量製造技術開発における高度分析拠点及び技術開発取り纏め 」（2018-2023年度）（研究担当者：内田和久 特命教授）
- 厚生労働省 令和5年度医薬品等審査迅速化事業費補助金 （薬事規制研修事業）（研究担当者：内田和久 特命教授）
- AMED 再生医療等実用化研究事業/再生医療・細胞治療分野において品質・非臨床評価方法の国際標準化を目指す研究「再生医療等製品に関するウイルス安全性評価の国際標準化研究」（2022-2024年度）（研究担当者：内田和久 特命教授）
- AMED ワクチン・新規モダリティ研究開発事業/新規モダリティを用いる感染症ワクチンの研究開発 「PureCap 法を基盤とした高純度 mRNA国内生産体制の構築と送達キャリアフリーの安全なmRNAワクチンの臨床開発」2022-2024年度（研究担当者：内田和久 特命教授）
機能性食品・アグロバイオ分野
- JSPS基盤研究(B) イチゴアレルゲンFra a 1の果実移行性と生理機能の解明（2023-2026年度）（研究代表者：宇野雄一教授）
- JST A-STEPトライアウト「低アレルゲン化イチゴの開発」（2022-2023年度）（研究代表者：宇野雄一教授）
- JSPS基盤研究(A) ポリフェノール・パラドックスの解明（2017-2021年度）（研究代表者：芦田均教授，研究担当者：山下陽子准教授）
- 文部科学省 バイオプロダクション次世代農工連携拠点（2008-2018年度）（研究担当者：芦田均教授，本田和久教授，金丸研吾准教授，橋本堂史准教授）
先端分析評価・プロセス部門
